Do zalet naturalnego planowania rodziny nalerzą między innymi:

• poznanie naturalnego rytmu płodności, który ma istotne znaczenie we wczesnej diagnostyce chorób kobiecych
• metody nieszkodliwe dla zdrowia
• mogą być stosowane zarówno w celu zwiększenia prawdopodobieństwa poczęcia dziecka jak i odłożenia tej decyzji na późniejszy termin
• prawidłowe stosowanie metod NPR zwiększa własną wiedzę o funkcjonowaniu ludzkiej płodności
• stosowanie metod NPR w związku pociąga za sobą zaangażowanie partnera, współpracę, komunikację i dzielenie odpowiedzialności w związku
• pozwalają na określenie czasu poczęcia dziecka jak i terminu porodu